Đối với thí nghiệm có lượng mẫu giới hạn, quá trình định lượng protein thường được tiến hành bằng cách đo độ hấp thụ (absorption) ở 280 nm sử dụng máy quang phổ kế đo thể tích micro (microvolume spectrophotometer). Máy giúp định lượng protein tổng số (total protein) chỉ với một lượng mẫu có thể tích nhỏ bằng 1 µL. Mối tương quan 1 đơn vị O.D. (O.D. unit) = 1 mg/mL protein thường được sử dụng để tính nồng độ hỗn hợp protein ở bước sóng hấp thụ quang bằng 280 nm. Tuy nhiên, đối với protein tinh sạch được biết trước (known purified proteins), việc chia độ hấp thụ quang (absorbance) cho hệ số hấp thụ (absorbance coefficient) của protein thường mang tới kết quả tốt hơn.

Mặc dù phần lớn các phòng thí nghiệm sinh học và hóa sinh đã từng sử dụng một trong các phương pháp định lượng protein này nhưng kết quả phát hiện và xác minh một số nồng độ protein đều không thỏa mãn. Phương pháp được tin dùng trong rất nhiều loại thí nghiệm vẫn là đánh dấu proteins bằng huỳnh quang (fluorescent labelling) rồi sau đó ghi nhận những tín hiệu phát ra từ chất đánh dấu này nhờ phép đo phát xạ huỳnh quang (fluorescence measurement). Trong trường hợp này, dòng máy đọc khay vi thể phát xạ huỳnh quang (microplate fluorescence reader) thường được sử dụng.