Máy đọc khay vi thể sử dụng kính lọc (filters-based microplate readers) dùng chính kính lọc để lựa chọn bước sóng mong muốn. Nó có giá phải chăng hơn nhưng trong trường hợp này rẻ không có nghĩa là hiệu suất đi cùng sẽ kém hơn. Hệ thống chạy bằng kính lọc (filter-based systems) có độ truyền quang (transmittance) rất cao mang tới độ nhạy tốt hơn nhiều so với hệ thống chạy dựa trên bộ phận đơn sắc hóa (monochromator-based systems). Hơn nữa, quá trình đổi bước sóng (wavelength switching) diễn ra rất nhanh chóng và đây là một đặc điểm có lợi cho thí nghiệm đo tỉ lệ (ratio metric assay). Máy đọc ELISA (ELISA readers) sử dụng kính lọc (filters) bởi nó thường thực hiện phép đo chỉ ở một số bước sóng khác nhau.
Nhược điểm chính của máy đọc khay vi thể sử dụng kính lọc (filter-based microplate readers) là với mỗi bước sóng nó lại cần tới một kính lọc chuyên biệt. Đặc tính này làm giảm độ linh hoạt và khiến quá trình quét bước sóng (wavelength scans) không thể thực hiện được.
